Kościół św. Jana Ewangelisty (dawniej św. Jana Chrzciciela) znajduje się w południowo-wschodniej części Starego Miasta w Szczecinie. Stoi na dnie doliny Odry, 5 m. powyżej poziomu rzeki w odległości 80m. od niej.
W średniowieczu kościół św. Jana wraz z przylegającym doń klasztorem franciszkanów zlokalizowano w narożu murów miejskich między Bramą Św. Ducha i Basztą Mnichów. Prezbiterium zwrócone ku ul. Ks. Kard. St. Wyszyńskiego, elewacje boczne ku ul. Świętego Ducha, zachodnie ku ul. Franciszkańskiej, południowe ku Nabrzeżu Wieleckiemu. Kościół jest orientowany z odchyleniem osi o 30 stopni w kierunku północno-wschodnim - skutek wpasowania budowli w sieć wytyczonych wcześniej ulic.